O presidente e o Congresso estavam às turras. Havia uma disputa acirrada pelo poder. Afinal a constituição dizia que o pais era uma república presidencialista e portanto cabia aos parlamentares apenas melhorar os projetos oriundos do executivo ou aprovar novos projetos que o presidente poderia concordar ou vetar parcial ou totalmente. Os ânimos se exaltaram e o conflito foi inevitável. Uma mistura de políticos, militares, jornalistas, e setores públicos organizados. Ele optou por mandar fechar o Congresso Nacional no primeiro golpe de estado no regime republicano. Não era o primeiro do final do século 19 uma vez que a própria proclamação da república tinha sido um golpe liderado pelo marechal Deodoro da Fonseca. Além de visões diferentes sobre os destinos do páis, os políticos queriam que os militares voltassem para os quartéis e que Deodoro ficasse sobre vigilância uma vez que, dizia-se, cogitava a volta da monarquia ao Brasil. A república estava espremida entre a espada de um lado e a coroa do outro. Mais um golpe de estado, desta vez contra o presidente. Não deu outra, ao assumir o governo, o vice Floriano implantou uma sangrenta ditadura até completar o mandato do primeiro presidente eleito.
Os partidos no Congresso não tinham caráter nacional. Eram conglomerados de políticos regionais e a visão que tinham se reduzia aos problemas de seus estados. Alguns representavam apenas uma ou outra região e a luta no legislativo era sobre os recursos que deveriam ser investidos. Havia um imenso vazio político nacional que aos poucos foi ocupado pelo presidente. Hábil, jogava com as forças contrárias e aos poucos concentrava cada vez mais poder em suas mãos. Afinal o pais era presidencialista e na cabeça das pessoas ele era uma espécie de rei eleito por quatro anos. Contudo os partidos com conteúdo ideológico eram os únicos que se articulavam nacionalmente, tinham representações, clubes, diretórios, associações em todo o pais e se regiam por cartilhas de palavras de ordens organizadas. Getúlio Vargas estava de olho neles. Poderiam tentar impor no Brasil os regimes que tinham impostos em países, sobretudo, na Europa. Na direita os integralistas abertamente favoráveis a implantação de uma ditadura inspirada no regime italiano de Mussolini. Na esquerda a inspiração na revolução russa sob a égide da Aliança Nacional Libertadora que propunha a ditadura do proletariado. Vargas jogou habilmente e a pretexto de impedir essas ameaças mandou fechar o Congresso e implantou a sua ditadura.
A crise entre o presidente e o Congresso ficou evidente no momento que ele conseguiu convocar um plebiscito. E a população optou pelo presidencialismo. Goulart concentrou o poder executivo em suas mãos, anunciou as reformas de base. O conflito entre o presidente e o congresso foi imediato. Acusado de ser apoiado pelas esquerdas comunistas e socialistas e de outro o congresso acusado de ser reacionário e contrário á distribuição de terras e das riquezas nacionais. Os embates ganharam notoriedade na medida que o executivo editava novos decretos como a desapropriação das terras ao longo das estradas federais, estatização de refinaria de petróleo e um plano trienal que propunha uma melhor distribuição de renda. A base do presidente bem que se esforçava para conseguir aprovar os projetos do governo, mas a oposição rotulada de reacionária e de direita obstruía o avanço de um estado comprometido com as teses da esquerda. Havia uma intromissão evidente de um poder sobre o outro e a ameaça de uma crise institucional, como de fato aconteceu. Alguns políticos moderados diziam que um dia a república brasileira entenderia que existem três poderes e que a função de cada um deles está definida na constituição e que o executivo deveria apenas apresentar os projetos e caberia ao legislativo aprova-los ou não. Sum o auxílio de uma base aliada alimentada por cargos, verbas e títulos.